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《國土資源部關于強化管控落實最嚴格耕地保護制度的通知》（以下簡稱《通知》）對強化耕地保護執法監察、嚴格耕地保護責任追究提出了明確要求，包含以下6項內容。
從嚴查處各類違法占用耕地行為
《通知》要求，加強對違反規劃計劃擴大建設用地規模、農村土地流轉和農業結構調整中大量損壞基本農田等影響面大的違法違規行為的執法檢查。
《通知》明確，今后國土資源違法案件查處工作將以耕地保護為重點，嚴肅查處各類違法占用、損壞耕地特別是基本農田的違法行為，堅決保護耕地。
不斷完善發現機制
《通知》要求，充分利用衛星遙感、巡查、網絡信息、群眾舉報等手段，健全“天上看、地上查、網上管、群眾報”違法行為發現機制，在每年一次全國土地衛片執法檢查的基礎上，在有條件地區推廣應用無人機航拍、視頻監控網等，對重點城市群郊區、耕地集中連片區域和土地違法違規行為高發地區加強監測。
天上看，即衛片執法檢查，是指對同一地域不同時間點的遙感影像進行比對，發現土地利用變化情況，即實地核查用地合法性，查處違法行為，并依據檢查結果對違法嚴重地區開展約談、問責的一項執法檢查。
地上查，即巡查。《通知》要求各級國土資源主管部門遵循“依法、及時、有效”的原則，認真開展巡查工作，及時制止發現的違法行為。
網上管，即執法監察信息與“批、供、用、補、查”綜合信息監管平臺的互聯互通。《通知》要求各級國土資源主管部門逐步將違法案件統計、衛片執法檢查、案件查處等情況數據化，錄入綜合信息監管平臺統一管理。
群眾報，主要是“12336”違法線索舉報電話。2009年8月，部、省、市、縣四級“12336”全部開通，成為發現違法用地線索的重要渠道。《通知》要求各級國土資源主管部門高度重視群眾舉報的違法線索，核查屬實的要嚴肅查處。
視頻監控網是通過在基本農田、國土資源違法行為易發區等重點區域建設視頻監控點，及時發現和處置國土資源違法行為的一項手段創新，具有實時監控、遠程發現、遠程制止和警示震懾等作用，能夠有效提升監管效率。截至2013年，國土資源部已經在44個地區、礦區部署開展了視頻監控網建設試點，成效較為明顯。無人機是遙感監測的手段之一，相較于衛片執法檢查精度更高、周期更短，有利于更及時、準確地掌握轄區內土地利用情況。
各級國土資源主管部門應當按照《通知》的要求，應用高科技手段，健全監管體系，并結合工作實踐積極創新，加大對城市郊區、耕地集中連片區域和土地違法違規行為高發地區的監測力度，有效防范和遏制違法行為，將問題“發現在初始、解決在萌芽”。
認真履行報告職責
《通知》要求各級國土資源主管部門認真落實違法行為報告制度，對非法占用基本農田5畝以上或一般耕地10畝以上、非法批準征占基本農田10畝以上或一般耕地30畝以上，以及其他造成耕地大量損壞的行為，必須在核定違法行為后3個工作日內，向同級地方人民政府和上級國土資源主管部門報告。
2010年，國土資源部下發《關于進一步加強對違反國土資源管理法律法規行為發現、制止、報告和查處工作的通知》，要求各級國土資源主管部門對重大、突發違法行為實行專項報告制度。《通知》對報告制度作了補充和完善，以保護耕地為重點，將違法占用、損壞耕地，特別是基本農田的行為列入必須及時報告的事項，并明確了3個工作日的報告時限。
堅持實行掛牌督辦制度
《通知》要求各級國土資源主管部門堅持實行掛牌督辦制度，對占用耕地重大、典型案件，及時進行公開查處、公開曝光。
《國土資源領域違法違規案件公開通報和掛牌督辦辦法》及配套文件規定，國土資源部每季度掛牌督辦一批重大、典型違法案件，公開通報一批案件的查處結果。2013年，為強化案件查處的時效性，國土資源部決定將按季度公開通報和掛牌督辦改為即時，進一步加強對重大違法案件查處的監督檢查力度。
按照《通知》精神，國土資源部將以違法占用、破壞耕地、基本農田案件為重點，加強直查和部省聯合查處力度，公開通報查處結果。
形成查處違法犯罪合力
《通知》要求各級國土資源主管部門加強與司法機關、監察機關的協作配合，形成查處合力。
2005年，監察部與國土資源部聯合下發了《關于監察機關和國土資源部門在查處土地違法違紀案件中加強協作配合的通知》，提出監察機關和國土資源主管部門應當充分發揮各自職能作用，互相支持，協作配合，建立溝通協調機制。2008年，國土資源部與最高人民檢察院、公安部聯合下發《關于國土資源行政主管部門移送涉嫌國土資源犯罪案件的若干意見》，明確了移送的范圍和程序，與最高人民法院、最高人民檢察院、公安部聯合下發《關于在查處國土資源違法犯罪工作中加強協作配合的若干意見》，提出建立聯席會議制度、信息情況通報制度、制止違法行為的聯系配合機制。
《通知》要求各級國土資源主管部門按照上述文件的精神，主動與紀檢監察機關、法院、檢察院、公安部門加強溝通協調，形成打擊危害國土資源違法違紀和犯罪行為的合力，切實加強耕地保護，確保國土資源合理利用。
嚴格落實責任追究制度
《通知》要求，嚴格執行《違反土地管理規定行為處分辦法》（以下簡稱15號令），積極配合監察機關依法追究地方人民政府負責人的責任。應當將耕地劃入基本農田而不劃入，且拒不改正的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予行政處分。對國土資源主管部門工作人員不依法履行職責，存在徇私舞弊、壓案不查、隱瞞不報等行為的，要嚴格依照相關規定追究有關責任人的責任。
《國務院關于加強土地調控有關問題的通知》規定：“地方各級人民政府主要負責人應對本行政區域內耕地保有量和基本農田保護面積、土地利用總體規劃和年度計劃執行情況負總責”，要求嚴格實行問責制。
15號令再次明確了縣級以上地方人民政府的職責，要求有下列行為之一的要實施問責：一是土地管理秩序混亂，致使一年度內本行政區域違法占用耕地面積占新增建設用地占用耕地總面積的比例達到15%以上，或者雖然未達到15%，但造成惡劣影響或者其他嚴重后果；二是發生土地違法案件造成嚴重后果；三是對違反土地管理規定行為不制止、不組織查處；四是對違反土地管理規定行為隱瞞不報、壓案不查。
《通知》增加了一項責任追究事項，即應當將耕地劃入基本農田而不劃入且拒不改正的行為，體現了落實最嚴格耕地保護制度的精神。通知還強調，在落實15號令、追究地方人民政府責任的同時，國土資源主管部門工作人員必須嚴格依法履行職責，存在徇私舞弊等行為的，也要嚴肅追究責任。